云服务器的操作系统，可分为Linux系统和Windows系统两大类。

其中，Linux操作系统是开源系统，包括Ubuntu、Debian、CentOS等系统，功能大同小异，界面和操作方法略有不同；而Windows操作系统常用的有Server 2003和Server 2008 r2，其中又分为x86和x64两种。如果需要使用asp、asp.net+SQLServer架构必须使用Windows系统；使用php+MySQL架构则必须使用Linux系统。